Cụ thể, đối với Khu cảng Phước An, Bộ GT - VT đề nghị đơn vị tư vấn nghiên cứu kỹ quy hoạch luồng tuyến, khu quay trở tầu, đảm bảo an toàn hàng hải khi khai thác do khu vực này gần ngã ba sông và vị trí dự kiến xây dựng cầu Phước An. Hiện nay, Bộ GT - VT đang triển khai dự án nạo vét tuyến luồng Cái Mép - Thị Vải đến phạm vi cảng Phước An. Do đó, Bộ GT - VT, đề nghị UBND tỉnh đẩy nhanh tiến độ xây dựng tuyến đường liên cảng và thu hút đầu tư xây dựng các bến cảng khu vực Phước An, đảm bảo đồng bộ với việc hoàn thành tuyến luồng đưa vào khai thác.

Đối với quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển số 4, Bộ GT - VT cơ bản thống nhất với đề xuất của đơn vị tư vấn lập quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển số 4 về định hướng quy hoạch các khu bến cảng thuộc cảng biển Đồng Nai, bao gồm: khu bến Phước An, Gò Dầu, Phước Thái (trên sông Thị Vải); khu bến Nhơn Trạch; khu bến Long Bình Tân (trên sông Đồng Nai). Bộ GT - VT cũng lưu ý một số nội dung gồm: nghiên cứu cụ thể về cỡ tầu cho từng khu bến theo phân khúc tàu (vận tải đi nội Á, vận tải nội địa), lưu ý tĩnh không các cầu trên tuyến như cầu Phước An, cầu Đồng Nai…; mở rộng, bổ sung công năng cho các bến Gò Dầu, sớm đầu tư bến cảng Phước Thái trong đó có kho cảng cung cấp nhiên liệu cho Cảng hàng không quốc tế Long Thành;

Đối với khu bến Nhơn Trạch bao gồm khu cảng trên sông Đồng Nai, sông Nhà Bè đoạn từ tổng kho xăng dầu 186 lên phía thượng lưu (đối diện cảng Cát Lái) quy hoạch theo hướng không quy hoạch thêm bến cảng, tập trung quy hoạch phát triển cảng từ tổng kho xăng dầu 186 về phía hạ lưu sông Nhà Bè, sông Lòng Tầu, sông Đồng Tranh (nghiên cứu cỡ tầu đến 45.000DWT hoặc lớn hơn).

 
Khu bến Long Bình Tân với chức năng là vệ tinh, đầu mối gom hàng cho các cảng biển trong khu vực và phục vụ phát triển kinh tế - xã hội địa phương, cỡ tầu nhỏ, trọng tải đến 5.000 DWT.